Novi Q3 je dobil pozitivne ocene preizkusnih trčenj EuroNCAP na osnovi vseh pomembnih kriterijev, tako pri zaščiti odraslih potnikov kot tudi pri varnosti otrok, pri zaščiti pešcev in kolesarjev ter pri asistenčnih sistemih. Aktivni varnostni sistemi, med katere sodijo sistemi za avtomatsko zaviranje v sili za mestno vožnjo in avtoceste, predstavljajo v skupni oceni Euro NCAP pri zaščiti odraslih potnikov 40-odstotno, zaščiti pešcev in kolesarjev 20-odstotno ter asistenčnih sistemih 20-odstotno utež.
Novi Audi Q3 je serijsko opremljen z varnostnima sistemoma Audi pre sense basic in Audi pre sense front. S pomočjo radarja prepozna kritične situacije s pešci, kolesarji in drugimi vozili ter voznika opozarja z vidnimi signali, zvočnimi opozorili in s tresenjem volana. Po potrebi se samodejno vključi celo zaviranje s polno močjo. V serijski obseg opreme sodi tudi Audi side assist, ki opozarja na nevarnost pri menjavi voznega pasu. K standardni opremi sodi tudi Audi active lane assist. Ta sistem preprečuje, da bi nenamerno zapeljali z voznega pasu. Opcijski paket asistenčnih sistemov združuje prilagodljivo vozno asistenco, s kamero podprti sistem za prepoznavanje prometnih znakov, parkirni sistem plus, asistenco za dolge luči in asistenco za zaustavitev v sili.
